经济管理系前身最早追溯到1964年学校设立的林业财会、森工财会两个班，学制一年，毕业后享受中专毕业生待遇。1985年8月设立林业财会职工中专班，招收在职林业干部、职工，学制两年。1989年设立林产品经销贸易专业，招收初中毕业生，学制四年。经管类教师队伍编为林经组，1997年学院成立经管科。

2005年经济管理系正式设立。先后设有会计电算化、物流管理、市场营销、财务管理、连锁经营管理、金融与证券、会计、电子商务等专业。其中：国家级重点专业1个（物流管理），省级精品专业1个（会计），省级示范专业3个（会计、物流管理、市场营销），福建省创新创业改革试点专业1个（会计），省级精品专业1个（会计）。在福建省高职院校专业建设质量评价中，会计类专业获全省第2名，其他专业均进入全省前8名，建成25多个专业实训室和38个校外实训基地。

经济管理系现有专任教师67人，其中：福建省高校教学名师2人、省级专业带头人2人、硕士研究生导师2人、教授4人、副教授11人、硕士研究生57人、福建省会计领军人才1人，注册会计师1人、注册税务师1人、高级会计师4人，双师型教师60人，聘有62名来自会计师事务所和企业管理一线的兼职教师。会计和物流管理专业教学团队被福建省教育厅评为教学团队。获全国“五一巾帼标兵岗”，国家教学成果一等奖1项，全国优秀教师1人，福建省“女职工标兵岗”，福建省优秀共产党员1人，福建省教学成果特等奖2项、一等奖1项、二等奖3项，福建省科技进步二等奖1项，省级教学团队2个（会计电算化、物流管理）；省级精品课程5门（《财务会计》、《成本会计》、《会计职业基础》、《市场营销》和《企业经济业务核算与报告》），省级课程思政示范课程1门《会计职业基础》。

经济管理系学生在全国、全省各类比赛中多次获奖，其中获全国林业职业院校大学生创业大赛优秀奖2项；技能大赛获国家三等奖、多次获省级一等奖、二等奖；系学生实践团队多次获福建省大中专学生社会实践活动优秀团队。